螺杆式冷水机组的停机分为正常停机、紧急停机、自动停机和长期停机。正常停机的操作方法是将手动卸载控制装置置于卸载位置。关闭冷凝器与蒸发器之间供液管线上的电磁阀和出液阀。停止压缩机，同时关闭其吸入阀。能量降至零后，停止油泵。将能量调节装置置于“停止”位置。关闭油冷却器冷却水进口阀。停止冷却水泵和冷却塔风扇的运行。停止制冷剂泵。关闭主电源。
螺杆式冷水机机组紧急停机。螺杆式制冷压缩机运行正常时如发规异常现象，为了保护机组的安全，应实施紧急停机。操作方法为：停止压缩机。关闭压缩机的吸入阀。关闭供液管电磁阀和冷凝器出液阀。停止油泵工作。关闭油冷却器的冷却水进水阀。停止冷媒水泵、冷却水泵和冷却塔风机。切断总电源。机组在运行过程中出现停电、停水等故障时的停机方法可参照离心式压缩机紧急停机中的有关内容处理。机组紧急停机后，应及时查明故障原因，排除故障后，可按正常启动方法重新启动机组。
螺杆式冷水机组的自动停机。螺杆式冷水机组运行期间，如果机组压力和温度超过规定范围，机组控制系统中的保护装置将生效并自动停止压缩机。这种现象称为机组自动停机。当机组自动停机时，机组电气控制面板上的相应故障指示灯将点亮，以指示故障位置。发生这种情况时，主机停机后，可根据紧急停机方法处理停机操作的其他部分。停机操作完成后，应检查机组，排除故障后可重新启动正常启动程序。
螺杆式冷水机组的长期停机。由于螺杆式冷水机组的季节性运行，机组停机时间较长。为确保机组安全，在季节性停堆期间，可按以下方法进行停堆操作。机组正常运行时，关闭机组出液阀，使机组进行减载运行，将机组中的制冷剂全部抽至冷凝器中。为使机组不会因吸气压力过低而停机，可将低压压力继电器的调定值调为0.15MPa。当吸气压力降至0.15MPa左右时，压缩机停机，当压缩机停机后，可将低压压力值再调回。将停止运行后的油冷却器、冷凝器、蒸发器中的水卸掉，并放干净残存水，以防冬季时冻坏其内部的传热管。关闭好机组中的有关阀门，检查是否有泄漏现象。每星期应启动润滑油油泵运行10～20min，使润滑油长时间均匀分布在压缩机各工作面上，防止机组长时间缺油，造成机件表面缺油，重启困难。
